MTs NU 13 Arrahmat Sukorejo di dirikan oleh Pengurus MWC NU Kecamatan Sukorejo Kabupaten Kendal karena berbagai usulan dan desakan dari warga nahdliyin di wilayah kecamatan Sukorejo.Melalui berbagai rapat Pengurus MWC bersama pengurus ranting NU se kecamatan Sukorejo yang akhirnya terbentuk panitia pendirian MTs NU 13 Arrahmat dan di ketuai oleh bapak Haji Damiri Rahmat yang sekaligus sebagai Pengurusnya. Nama ARRAHMAT di sepakati karena bertafaul / berharap kepada Beliau [Bapak Kyai Rochmat Kholil Alm Kauman Sukorejo] yang kaya akan barokah ilmu dan karomahnya terutama ilmu agama.Beliau adalah seorang Ulama yang cukup terkenal di wilayah Sukorejo pada zamannya. Dengan harapan agar kelak para siswa dan siswinya akan menjadi orang-orang yang sholih dan sholihah serta bermanfaat di lingkungan masyarakatnya. Pada tahun 1987 -1988 kegiatan KBM di laksanakan menumpang di gedung MI NU 45 Trimulyo dan di rumah warga Desa Trimulyo (mbah Ny Surip Kiringan dan bapak Disam Ngloyo).Dan pada tahun 1988 sudah membangun gedung yang berjumlah 5 lokal dan gedungnya masih di pakai hingga sekarang (Alhamdulillah barokah). Pelaksanaan ujian pada tahun ke tiga menginduk di MTs N Ketileng Semarang.
Adapun administrasi dasar pengakuan MTs NU 13 Arrahmat Sukorejo adalah sebagai berikut;
- Keputusan Pimpinan Cabang Lembaga Pendidikan Ma’arif NU Kabupaten Kendal No:SK. Kd.11.24/4/pp.03/.1/2893/2010 Tanggal 2 Juni 2010 tentang Penetapan Nomor statistik Madrasah Tsanawiyah dan Aliyah Nahdlatul Ulama.
- Piagam pengakuan Pimpinan Cabang Lembaga Pendidikan Ma’arif NU Cabang KENDAL No603/PC.II.O6/LPM/VIII/2012:
- Piagam Pengakuan Kepala Bidang Pembinaan Perguruan Agama Islam Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Jawa Tengah No: WK/5.C/36/Pgm/Ts/1987.
- Piagam No; Kd.11.21.4/PP.00/2894/2010 dengan Nomor Statistik Madrasah ( 121233240005 ) dari Kementrian Agama Kabupaten Kendal tanggal 2 juni 2010.
- Piagam Jenjang Akreditasi Madrasah Status ” TERDAFTAR ” MTs Swasta Berdasarkan Keputusan Kepala Kantor Wilayah Depag Prov. Jateng No : Wk/S.C/PP.00.3.1/530/a/95 tanggal 24 November 1994. Tanggal Piagam Semarang, 22 februari 1995
- Piagam Pengakuan Madrasah dari PW LPMNU Jateng No : 077/PW.I/LPM/I/2001, tentang Nomor Induk Madrasah ( NIM ) dengan no : B.II.04.03.0054, ditetapkan di Semarang, 05 Dzulqaidah 1421 H / 30 Januari 2001.M
- Sertifikat Nomor Identitas Sekolah ( NIS ) No : PP/425.3/2602/PDK dari Kepala Dinas P dan K Kab. Kendal. Tertanggal 16 juni 2004 M
- Piagam Jenjang Akreditasi Madrasah status ”TERAKREDITASI BAIK ( B ) dari Kan. Wil Depag Prov. Jateng Nomor : Kw.11.4/4/PP.03.2/624.24.13/2006, tertanggal Semarang, 27 Pebruari 2006
- Piagam Nomor Statistik Madrasah ( NSM ) dari Kementerian Agama Kantor Kabupaten Kendal, Nomor Surat . No. Kd.11.21/4/PP.00/2894/2010, dengan Nomor Statistik Madrasah ( NSM ) : 121 233 240 035
- Serifikat Akreditasi Madrasah dari Badan Akreditasi Nasional Sekolah / Madrasah ( BAN S/M ) memperoleh peringkat ” B ” tertanggal Semarang, 9 November 2010
- Sertifikat Akreditasi Madrasah dari Badan Akreditasi Nasional Sekolah /Madrasah [BAN S/M]
- Memperoleh peringkat ‘’A’’ tertanggal Semarang 16 November 2015